La Grotte Bleue est située au niveau de la mer sur le flanc ouest de la péninsule de Luštica, creusée par des millénaires d'action des vagues de l'Adriatique dans le socle karstique qui définit le littoral du Monténégro. Aucune route ne mène à la grotte. L'accès nécessite un bateau — traditionnellement des navires de pêche en bois appelés gajeta, désormais complétés par des hors-bords pneumatiques rigides qui partent de la marina de Kotor chaque matin entre huit heures et midi. L'embouchure de la grotte mesure quatre mètres de large, n'admettant que de petites embarcations à la fois. À l'intérieur, la lumière du soleil filtre à travers des fissures submergées dans le sol calcaire, se réfractant vers le haut à travers l'eau de mer pour projeter les parois intérieures dans des dégradés changeants de cobalt et de turquoise. L'effet optique atteint son apogée entre neuf heures et midi, lorsque l'angle du soleil s'aligne perpendiculairement à l'orientation de la grotte. Les opérateurs d'excursions à la Grotte Bleue à Kotor associent la grotte à des arrêts à proximité de monuments maritimes : l'îlot artificiel de Notre-Dame-des-Rochers, construit sur quatre siècles par des marins de Perast qui ont coulé des navires ennemis capturés remplis de pierres ; la forteresse de Mamula, une fortification austro-hongroise du XIXe siècle transformée en prison pendant la Seconde Guerre mondiale ; et les tunnels sous-marins creusés dans les falaises de Luštica dans les années 1960 par des ingénieurs navals yougoslaves. Ces canaux bordés de béton abritaient autrefois des patrouilleurs et servent désormais de vestiges étranges de l'infrastructure de la guerre froide, leurs entrées étant à moitié submergées et accessibles uniquement à marée basse. La géologie karstique s'étend à l'intérieur des terres à travers le massif d'Orjen, où l'eau de pluie percole à travers le calcaire poreux, dissolvant le carbonate de calcium et formant des vides souterrains. Les grottes côtières comme Plava Špilja — le nom local monténégrin — représentent le stade final de ce processus, où des rivières souterraines coulaient autrefois avant que le niveau de la mer ne monte à la fin de la dernière période glaciaire. La salinité de l'Adriatique remplit désormais des chambres qui étaient des terres sèches il y a douze mille ans. Les biologistes marins documentent une biodiversité élevée dans ces grottes : les castagnoles, les poulpes et les colonies d'éponges prospèrent dans les conditions de faible luminosité, à l'abri des prédateurs en eau libre. La baie de Kotor elle-même est un canyon de rivière noyé, pas un véritable fjord, bien que les sommets escarpés environnants — s'élevant à 1 894 mètres au mont Lovćen — confèrent à l'inlet un profil nordique. Les quatre bassins interconnectés de la baie canalisent les courants de marée devant Perast et Risan, créant des remontées d'eau riches en nutriments qui ont historiquement soutenu les villages de pêcheurs. Aujourd'hui, des excursions en hors-bord au départ de Kotor naviguent sur ces canaux, couvrant dix-huit milles marins aller-retour pour atteindre la Grotte Bleue. Les opérateurs programment les départs pour exploiter les conditions maritimes stables du matin et les angles solaires optimaux, ramenant les passagers en début d'après-midi avant que les vents thermiques connus localement sous le nom de maestral ne s'intensifient sur les approches de l'Adriatique.